有性生殖中，精子和卵子也称配子，相对于配子而言，受精卵就是合子。对二倍体动物斑马鱼而言，合子基因组的核遗传物质中一套染色体来自母亲，另一套来自父亲。可见，合子的染色体是由一套母本染色体与一套父本染色体组成。受精卵形成后，开始卵裂、囊胚、原肠、器官原基形成、和器官发生等早期胚胎发育过程。在胚胎早期发育中，合子的基因组是关闭的，即不发生转录。在斑马鱼，这一过程维持到至少512-细胞期（卵裂期）。这一阶段内，胚胎的发育（卵裂）完全依靠卵子发生过程中存储在卵母细胞中的物质（如mRNA和蛋白质。典型的如卵黄蛋白在胚胎早期发育中一直作为营养物质提供能量，而rRNA则被分配到不同的胚胎细胞中用于组装核糖体）。卵子携带的这些物质被称为母源性物质，其中的RNA被称为母源性RNA，也称母源性基因（注意与母源或母本基因相区别，母源或母本基因通常指的是母本染色体上的基因）。在斑马鱼胚胎中，胚胎本身基因组即合子基因组的转录要到胚胎发育至512-细胞时才能明显观测到，这些源自合子基因组上基因转录形成的基因表达产物被称为合子性基因产物，相应的基因即称为合子型基因。合子型基因开始转录的过程被称母源合子转变过程（MZT: maternal-zygotic transition)。