斑马鱼不仅可以适用于多种药物种类，还能进行多种类型的药效学评价和安全性评价。药物类型包括中药、天然产物、小分子药和成品药物（新适应症开发）。

药效学评价涉及领域：肿瘤、眼科、骨科、耳科、中枢神经、消化系统、脂质代谢、皮肤色素、组织再生、免疫与炎症等。

此外通过斑马鱼实验在早期能快速发现安全性不佳（干扰胚胎发育、引起表型变化等）的候选化合物，可以有效降低后期研发失败风险和成本，美国食品药品监督管理局（FDA）已经越来越多地应用斑马鱼对临床前药物进行安全性与毒理性评价。如美国FDA国际毒理研究中心（NCTR）评价氯胺酮（ketamine，一种被美国FDA严格管制的儿科麻醉剂）对斑马鱼心血管和神经系统的毒性，结果发现氯胺酮能够降低斑马鱼的心率，减少斑马鱼的运动神经元数量，和人类临床试验完全一致。