斑马鱼在国际上已广泛应用于药物早期安全性评价和毒理学研究，辉瑞、默克、强生、阿斯利康等跨国医药巨头都在用斑马鱼进行药物早期安全性评价。FDA和EMA早在2009年就通过了对斑马鱼安全药理学数据的GLP检查。中国重大新药创制专项自2012年开始将斑马鱼药物安全性评价技术列为了关键技术开发课题之一，并连续滚动支持。随着斑马鱼全基因组和人类基因组相关性比对分析工作的完成，斑马鱼在人类疾病未知基因研究、疾病表型分析以及通过高通量体内药物筛选平台开发潜在治疗药物方面发挥了重要作用。
斑马鱼在药物筛选中有其独特的优势：它不仅具有体外细胞实验的优点，同时也作为脊椎动物具有体内实验的优势，完美的结合了体内外实验的优势。
与细胞模型相比具有生物、靶点和一药多筛的优势
生物优势：斑马鱼是整体作为药物受试对象，可同时监测药效和毒性，以便在实验开始时排除掉毒性大的化合物，大大降低误筛率；且斑马鱼胚胎透明，可镜下直视或通过免疫荧光、整体原位杂交等技术观察表型变化，降低药筛成本。
靶点优势：斑马鱼与人类基因的同源性高，可以针对某个生物学表型而不是靶点进行药筛，可以寻找到未知的药物靶点。
一药多筛：可同时观测分析多个器官系统的表型。
