转基因斑马鱼广泛应用于水质监测，其对污染物的作用反应快，可在短时间内调查水污染状况或用于特定污染物的检测。
| Tg(huc:eGFP)泛神经 | Tg(hb9:eGFP) 运动神经 |
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| Tg(my7:eGFP)心脏 | Tg(flk1:eGFP)心血管 |
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用斑马鱼评价化学品等健康安全的实验安排：
1、遗传毒性检测 （选择10个原癌基因如p53等基因组DNA片段为检测对象，通过Sanger测序或二代DNA深度测序等测试手段确定遗传毒性）
1）胚胎细胞的遗传毒性
2）成鱼肝脏的遗传毒性
2、转录毒性（RNA深度测序---挖掘RNA深度测序结果，可以给出包括代谢组学等多种毒理组学的评价结果）
1）胚胎细胞的转录毒性
2）成鱼肝脏的转录毒性
3、发育毒性（利用胚胎整体原位杂交技术，测试胚胎左右对称、器官特化标志基因在胚胎发育中表达是否异常）
4、显微形态学毒性
在体视显微镜下，观测胚胎的各种形态学变化，包括胚胎的心率、血流速度、心室缩短分数、心包水肿指数、鱼鳔形成率、前后轴发育（体长）以及任何其它可见的显微形态学变化
5、行为学检测（利用斑马鱼行为分析仪，对斑马鱼胚胎和成鱼进行多种行为学分析，在整体水平上评价化学品包括化妆品等的健康安全）
1、运动速度
2、运动时间
3、社交行为
4、.......
其它还可以包括细胞生物学水平和组织学水平的评价。
与常规物理和化学检测手段相比，应用斑马鱼进行环境监测和化学品研究能实现快速、高效、灵敏、成本低等优点。